外国特許の取得方法には、パリルート（パリ出願）とPCTルート（PCT出願）の2つがあります。
「パリ出願とPCT出願のどちらを選べばよいですか？」とよく質問されるのですが、結論から言えば、
・出願国（特許を取得したい国）が決まっているのならパリルート
・出願国をすぐに決められないのならPCTルート
を選ぶことをおすすめしています。
特許は国ごと
特許は属地主義が原則です。
世界中で通用する特許はありません。日本特許は日本国内でしか通用しません。
たとえば、日本特許を取得していても、アメリカ特許を取得していなければ、アメリカで同じ技術を実施されても特許侵害にはなりません。
そのため、海外で事業を行う可能性があるときには、アメリカ、中国、欧州、韓国、台湾・・・など、特許を取得したい国（出願国）を選びます。出願国を選んだら、出願国の言語で明細書を翻訳する必要もあります。
上述したように、外国出願には2つの方法があります（PCTの詳細はこちら）。
・パリルート：日本出願→外国出願
・PCTルート：日本出願→PCT出願（国際出願）→各国移行（外国出願）
パリルート
パリルートでは、日本出願日から1年以内に外国出願を行います。
この1年間で、
・出願国を決める。
・明細書を翻訳する。
・現地代理人（外国の弁理士）へ依頼して出願処理してもらう。
という作業を完了させなければなりません。
複数国にパリ出願したいのであれば、複数国それぞれについての翻訳費用および代理人費用が短期間にまとめて発生します。
一方、PCT出願を経由しないので、トータルコストは安くなります。
出願国を最初から決めているのならパリルートが適しています。
PCTルート
PCTは「費用を少し多く払う代わりに、時間と判断材料を買う制度」と考えておけばいいと思います。
PCTルートでは、日本出願日から1年以内にPCT出願します。
PCT出願は、
・出願国を決めなくてもいい。
・翻訳しなくていい。
・現地代理人の選定も不要。
というメリットがあるのでパリルートに比べると当面の負担は小さくなります。
PCT出願したあと、各国への移行期限（通常は優先日から30か月以内。国によっては31か月以内）までに、移行国（出願国）を決めて翻訳を準備すればよいため、パリルートより1年半ほど検討期間を延ばすことができます。
そのため、
・どの国へ事業展開するかまだ決まっていない。
・当面の費用を抑えたい。
・外国出願するべきか迷っている。
といったケースでは、PCTルートが適しています。
PCT出願をしておけば、あとで移行国（出願国）をゆっくり決めて準備できます。
PCTは「外国出願する権利を留保しておく制度」ともいえます。
また、PCT出願をすると国際調査も行われます。
日本特許庁を国際調査機関としてPCT出願した場合には、日本の審査官が先行技術を調査し（国際調査）、特許性について見解を示してくれます。そのため、「特許になる可能性」についてある程度の目途をつけることができます。
国際調査の結果は、各国へ移行するかどうかの判断材料になります。また、調査結果を踏まえて請求項を補正し、特許性を高めてから各国へ移行することもできます（国際調査の詳細はこちら）。
PCT出願の料金には国際調査費用が含まれています。このため、パリルートよりもPCTルートの方が高くなります。
国際調査をしない代わりにPCT出願費用を低額にしてもらう制度があればいいのですが、現行制度では国際調査を辞退することはできません。
日本出願から1年以内にパリ出願もPCT出願もしなければ、「外国出願する権利」はなくなってしまいます。
パリルートしか使えない国もある
台湾やアルゼンチンなどの一部の国はPCT加盟国ではありません。
PCT非加盟国で特許を取得したい場合は、パリルート一択です。
実務では、「PCT出願＋台湾（パリルート）」という組み合わせがよく利用されます。
迷ったらPCT
まとめると、以下のようになります。
パリルート
・出願国を早く決める必要がある。
・翻訳費用・外国出願費用が早期に発生する。
・トータルコストは安い。
PCTルート
・出願国を後から決められる。
・費用の発生時期を分散できる。
・国際調査を受けられる（受けざるを得ない）。
・一部の国では利用できない。
・トータルコストは高くなる。
パリルートの最大のメリットは、PCTルートよりも、PCT出願分だけ安くなることです。
一方、PCTルートの最大のメリットは、各国移行のための検討期間・準備期間を長くできることです。また、国際調査を受けられるため、特許性の見通しを得たうえで各国への移行を判断できるという利点もあります。
最初から出願国を決めているのならパリルートを選びます。
一方、出願国が決まっていない、外国出願をするか迷っている、ときにはPCT出願しておき、「外国出願する権利」を留保しておく、というのが一般的な考え方です。
参考：「ざっと眺める主要国特許手続フロー」「外国出願：いくらかかるのか」